Das Mikroskopielabor verfügt über verschiedene Auf- und Durchlichtmikroskope. Ein Arbeitsplatz ist mit einem Stereo-Zoom-Mikroskop mit Kamera, professionellem Bildwerkzeug und Livebild ausgestattet. Neben der Nutzung durch die Studierenden, die Strukturen verschiedenster Baustoffe untersuchen, werden auch Fragestellungen aus der Forschung bearbeitet.
Für die Herstellung von Holzpräparaten sind Mikrotome vorhanden.