Ziel des OnkoNET Projektes ist eine Erhöhung der Behandlungs- und Servicequalität für den Patienten sowie eine wesentliche Kosteneinsparung für alle Beteiligten durch die zentrale Speicherung von Patientendaten. Damit können überflüssige Mehrfachuntersuchungen und Fehlbehandlungen vermieden werden, da für jeden Arzt alle bereits bekannten Daten - Diagnosen, Therapien, Medikation, Laborwerte und Dokumente - des Patienten sofort verfügbar sind. Zusätzlich bietet das OnkoNET System weitere Vorteile für die Patienten, indem es bestimmte Notfall- und Pflegedienstdaten für eine schnelle fehlerfreie Behandlung zur Verfügung stellt.

Außerdem profitieren die angeschlossenen Ärzte von einer deutlichen Senkung ihrer Kosten durch die Nutzung der bi- und multidirektionalen Kommunikationsplattform des OnkoNETs für den Austausch von Krankheitsbildern und Abrechnungsdaten.

Das OnkoNET System stellt eine Client-/Server-Architektur dar. Die Computer eines Arztes greifen als Clients auf den Datenbestand des Servers zu. Die Verbindung zwischen Server und Client wird über in verschlüsselter Form über das Internet aufgebaut. Die OnkoNET-Software ist als Desktopanwendung  implementiert, so dass sich die Anwender in ihrer gewohnten Umgebung sofort zurecht finden.

Um Notärzten und Pflegediensten einen mobilen Zugang zu bestimmten Notfalldaten zu ermöglichen, wurde eine mobile Lösung für mobile Endgeräte wie Netbooks und Multimedia-Handys entwickelt.

Um eine umfassende Datensicherheit zu gewährleisten wurde ein umfangreiches Datenschutzkonzept entwickelt und implementiert, welches vom Datenschutz Mecklenburg Vorpommern zertifiziert und zugelassen wurde.

Alle Datenverbindungen werden nach dem WS-Security Standard mit einem asymetrischen Schlüsselverfahren gegen unberechtigtes Abhören sowie die unberechtigte Änderung geschützt. Gleichzeitig werden auf diesem Weg sowohl der Server als auch der Client eindeutig identifiziert.

Zusätzlich werden alle Daten auf den Servern verschlüsselt (AES 256bit) abgelegt. Jeder Patient besitzt einen eigenen AES-Schlüssel, der nur ihm und den zuständigen Ärzten bekannt ist. Ver- und Entschlüsselungsoperationen werden ausschließlich clientseitig durchgeführt, so daß der Schlüssel niemals zum Sever übertragen wird. Dieses dezentrale Schlüssekonzept gewährleistet einen umfassenden Schutz gegen Datenmißbrauch und unbefugte Weitergabe sowohl durch die Teilnehmer als auch das administrative Personal.

Um die Sicherheit weiter zu erhöhen wurden die Kommunikationsschicht und die Persistenzschicht durch eine zwischengelagerte Schicht, das "Access Control Layer", getrennt, innerhalb dieser eine feingranulare Zugriffsteuerung auf Methodenbasis sowie eine detaillierte Protokollierung aller Zugriffe implementiert ist.

Die Diagnosen eines Patienten werden standardisiert mit Hilfe des ICD-10-Codes gespeichert.

Allergien (Wirkstoffe auf die der Patient allergisch reagiert) und Medikamente, die dem Patienten verschrieben wurden, können mit dem Modul "Medikation" verwaltet werden.

Sobald ein neues Medikament verordnet wird, überprüft das System automatisch die Wirkstoffe des Medikaments hinsichtlich Allergien, Wechselwirkungen mit bereits verordneten Medikamenten und Wechselwirkungen mit bereits verordneten Phytopharmaka. Dadurch können Fehler bei der Gabe von Medikamenten verhindert und, manuell nur schwer erkennbare, Unverträglichkeiten aufgedeckt werden.

Ziel des Aufgabenmoduls ist die effiziente Anwendung von teuren Diagnoseverfahren (z.B. Computertomographie) und gleichzeitig eine Entlastung des Patienten durch Vermeidung von überflüssigen Mehrfachuntersuchungen und unnötigen Wartezeiten.

Die Laborwerte werden in drei Kategorien eingeteilt: Standardwerte (z.B. Kalium, Kalzium, Kreatinin), Spezialwerte (z.B. Ostase, CEA, CA15-3) sowie "Eigene Werte". Hier können fünf Laborwerte vom Arzt selbst definiert werden, um eine größtmögliche Flexibilität des Systems zu erreichen.

Im Dokumentenmodul können beliebige Dokumente (Bilder, Word- und PDF-Dokumente) abgelegt werden. Jedes Dokument kann einer Kategorie (bspw. Krankenhausberichte, Histologie) zugeordnet werden. Die wichtigsten Kategorien sind bereits in einer übersichtlichen Baumstruktur vordefiniert, die bei Bedarf problemlos an die Wünsche der Anwender angepasst werden kann.