Die Fakultätsleitung besteht aus dem Dekan, der Vor­sitzen­der des Fakultätsrates (ohne Stimmrecht) ist, dem Prodekan, dem Studiendekan sowie den Leitern der Bereiche Bau­ingenieur­wesen, Elektro­technik und Informatik, Maschinen­bau/Verfahrens- und Umwelttechnik und Seefahrt, Anlagen­technik und Logistik.

Die Fakultätsleitung ist für alle Angelegenheiten der Fakultät zuständig, soweit das Landeshochschulgesetz M-V und die Grundordnung der Hochschule Wismar nichts anderes bestimmen. Sie ist dem Fakultäts­rat gegenüber verant­wortlich und hat rechtswidrige Entscheidungen des Fakultäts­rates zu beanstanden und Abhilfe zu verlangen.